В статье рассмотрен оптимизационный подход к повышению эффективности управления распределением инвестиционного ресурса между объектами организационной системы с учетом интегрального объема инвестиций и уровня показателей эффективности развития, определяемых управляющим центром. С целью повышения эффективности программно-целевого подхода к развитию многообъектной организационной системы (МОС) разработан ряд моделей и алгоритмов моделирования и оптимизации распределения инвестиций при управлении данным процессом. При этом рассмотрены как процессы балансировки назначения инвестиций по направлениям программы развития, так и процессы ребалансировки по результатам мониторинга первоначальной программы и наличия высвободившихся ресурсов. Приведен пример формализации оптимизационной задачи ребалансировки, ее экстремальных и граничных условий. Предложен способ ранжирования объектов по критерию упущенной выгоды, определяемому по итогам мониторинга выполнения планов развития МОС по отдельным программам и экспертным путем. В качестве меры близости этих ранговых рядов используется коэффициент ранговой корреляции Спирмена. Показано применение разработанных программных средств, сопряженных с информационной системой мониторинга реализации программы развития, в практике управления инвестированием организационных систем на примере распределения субсидий для реализации программы сельскохозяйственного развития региона в департаменте аграрной политики Воронежской области