Архив статей журнала
Дождевой червь Eisenia altaica (Perel, 1968) - один из узкоареальных эндемиков Алтая. Он обитает на севере Республики Алтай в долине р. Катунь. В данном исследовании мы получили образцы E. altaica с юга Алтайского края. Мы секвенировали ДНК образца E. altaica методом Illumina, собрали и проанализировали его митохондриальный геном. Митохондриальный геном собран в виде непрерывного контига длиной 15,248 п. н. Он содержал типичный для дождевых червей набор генов, кодирующих белки, рибосомальную и транспортную РНК. Все гены располагались на одной цепи ДНК. AT-состав митохондриального генома (за исключением АТ-тракта) - 62.7 %. Белок-кодирующие гены nd4 и nd4l перекрывались на 7 пар нуклеотидов. Выявлено, что ATG является единственным старт-кодоном. Шесть белок-кодирующих генов ( cox1, atp8, cox3, nd6, nd1 и nd2 ) обладали укороченным стоп-кодоном (Т’). Филогенетический анализ, проведенный для видов рода Eisenia на основании полных митохондриальных геномов, показал, что виды E. altaica и E. tracta родственны к одной из ветвей линий комплекса E. nordenskioldi ( E. nor-denskioldi sensu stricto ). Это указывает на необходимость дробления комплекса E. nordenskioldi. Также близость алтайских эндемиков к комплексу E. nordenskioldi может свидетельствовать о том, что центр видообразования сибирской ветви рода Eisenia находится на Алтае. Контрольный регион мтДНК содержит тракт микросателлита АТ длиной более 150 п. н., который не мог быть собран полностью. Мы провели поиск микросателлитов в митохондриальных геномах других видов дождевых червей и обнаружили, что микросателлит АТ встречается в контрольных регионах представителей других видов, родов и семейств дождевых червей, в то время как другие микросателлиты там не найдены, что указывает на особую роль именно этого типа повторов в функционировании контрольных регионов.
Для эффективной селекции пшеницы на устойчивость к стеблевой ржавчине необходимо исследование популяций гриба, циркулирующих на посевах в конкретном регионе. Выявление вероятных источников инфекции возможно в результате отслеживания основных путей миграции спор патогена по всей территории возделывания пшеницы в пределах одной климатической зоны. Для ускоренного анализа и охвата большей выборки образцов предложено использовать микросателлитные маркеры, представляющие альтернативу традиционному фитопатологическому анализу состава генов вирулентности популяции. С их помощью проведено генотипирование монопустульных изолятов Puccinia graminis f. sp. tritici, собранных в Центральном регионе России и Поволжье на мягкой яровой пшенице, установлена высокая степень дифференциации между популяциями патогена. Предложена схема диагностики происхождения инфекции с помощью шкалы размеров аллелей микросателлитных маркеров.