Журнал выпускается с 1997 г., в 2007 г. зарегистрирован как электронное издание, с 2017 г. является сетевым изданием. Инициатива в создании журнала принадлежала известному российскому археологу, доктору исторических наук Александру Васильевичу Матвееву, который являлся главным редактором журнала в период 1997–2001 гг. С 2002 по 2022 г. — главный редактор журнала доктор исторических наук А.Н. Багашев, в январе 2023 г. главным редактором назначен доктор исторических наук В.А. Зах.
«Вестник археологии, антропологии и этнографии» публикует работы научно-исследовательского, теоретического и информационного характера по вопросам археологии, антропологии, этнографии и смежных научных дисциплин. Основные разделы «Археология», «Антропология», «Этнология» включают как аналитические работы, так и статьи, представляющие собой исчерпывающие публикации материалов конкретных археологических памятников, антропологических серий и этнографических коллекций. В отдельные номера журнала включаются рубрики «Рецензии» и «Хроника». К публикации принимаются статьи, основанные на анализе материалов, полученных в результате легальных археологических работ (на основании открытого листа как специального разрешения государственных органов) или находящихся на хранении в Государственном музейном фонде. Журнал рассматривает самодеятельное собирание древностей как деятельность, противоречащую Европейской конвенции об охране археологического наследия, российскому законодательству и представлениям об этике в науке.