Цель исследования – проанализировать существующие способы управления маркетинговой деятельностью научной организации, выявить их достоинства и недостатки и предложить новую концепцию, основанную на многополярной системе управления маркетинговой деятельностью. Исследование имеет теоретический характер и опирается на системную экономическую теорию. Описаны четыре стиля управления: административный, авторитарный, бюрократический и либеральный применительно к управлению научной организацией. Показано, какие возможности и какие факторы риска могут проявиться при каждом стиле управления для каждой из подсистем управляемого объекта: объектной, процессной, проектной и средовой. Уточнен состав внешних подсистем в маркетинговой деятельности научной организации, в том числе бренд научной организации, весь комплекс коммуникационных процессов, совокупность проектов, реализуемых в рамках научной организации, включая научные исследования и научные мероприятия, и репутацию научной организации среди представителей целевой аудитории научной организации, представляющих средовую подсистему. Указаны примеры факторов риска, которые могут негативно повлиять на восприятие бренда научной организации, ее коммуникации с целевой аудиторией, представление о научных результатах или репутацию в обществе. В данном исследовании впервые для описания взаимодействия научной организации с внешними акторами применен принцип двойственности, нашедший свое отражение в соотношении между внутренним наполнением и внешним окружением и проявляющийся в отношениях научной организации с ее социально-экономической экосистемой.