Разнообразные проблемы развития городских агломераций на протяжении последних 25 лет являются предметом не снижающегося многогранного и пристального научно-практического интереса. Но это не привело к исчерпанию этой проблематики. Остается немалое число до конца не проясненных как теоретических, так и практических вопросов, по которым не достигнуто широкого общественного согласия и сохраняются спорные точки зрения. Речь идет об остающихся и вновь появившихся разногласиях в понятии и генезисе агломераций, их развитии и государственном регулировании в современных российских реалиях, а именно – в ходе становления и реформирования федерализма, местного самоуправления, рыночной экономики. В статье обсуждается ряд дискуссионных научно-прикладных вопросов: о понятии и возникновении агломераций, о причинно-следственных связях развития агломераций с региональным развитием, о взаимоотношениях государства и агломераций, о роли местного самоуправления в развитии агломераций, об организации агломераций, о правовом обеспечении их развития. По каждому вопросу представлены основные конкурирующие точки зрения и проведен их сопоставительный анализ с изложением авторских комментариев и оценок.