В переходной экономике становятся актуальными вопросы реформирования транспортной системы и преодоления обостряющихся проблем управления отраслью. Казалось бы, технологический прогресс и цифровая трансформация бизнес-процессов должны упрощать алгоритм действий в вопросах управления. Но, как показывает практика, в этот период возникают новые условия функционирования отрасли (появление новых видов транспорта или их модификация) и элементы транспортной системы претерпевают изменения. Более серьезной проблемой авторы считают непредсказуемость действий зарубежных партнеров в отношении исключительных прав на программное обеспечение (ПО), используемое компаниями отрасли «Транспорт и логистика». Цель исследования – разработка модели оценки стоимости риска внезапного перехода компании на отечественное ПО и ее апробация на материалах компаний транспортно-логистической отрасли Алтайского края. Исследование проведено в контексте тенденций цифровой трансформации транспортной системы, выявления факторов и видов риска и оценки их влияния на информационно-технологический ландшафт транспортных компаний в условиях санкционных ограничений. Полученные результаты подтверждают целесообразность подготовки участников отрасли к переходу на отечественное ПО и минимизацию потенциальных рисков. Внезапное замещение ПО с большей долей вероятности приведет к серьезным финансовым потерям компаний, чем планомерные действия, не препятствующие бизнес-процессам и коммуникациям с партнерами и государственными институтами. Практическая значимость предложенной модели оценки риска заключается в возможности ее применения при принятии управленческих решений по цифровизации бизнес-процессов и переходе на отечественное ПО без отраслевых ограничений и масштабов работы компании.