EISSN 2686-8482

· Язык: ru

Статья: ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ, АССОЦИИРОВАННЫЕ С ВЕСОМ ТЕЛА, У ЖИВОТНЫХ МОЛОЧНЫХ ПОРОД КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА (2025)

Читать

Статья Литература Выпуск Статистика Издательство

Читать онлайн

Признаки, связанные с весом тела в разном возрасте, хорошо коррелируют с продуктивностью, здоровьем и продолжительностью хозяйственного использования крупного рогатого скота. В то же время у крупного рогатого скота вес тела - признак с высокой наследуемостью. Полногеномный анализ ассоциаций позволяет найти генетические варианты и потенциальные гены-кандидаты, контролирующие интересующий признак. Однако обзоры работ по изучению веса тела с помощью полногеномного анализа ассоциаций у животных молочных пород крупного рогатого скота практически отсутствуют. Целью этой работы было выявление потенциальных генов-кандидатов, ассоциированных с признаками веса тела, у животных молочных пород крупного рогатого скота на основании исследований по полногеномному анализу ассоциаций. Поиск литературы проведен с использованием поискового запроса “Cattle AND Dairy AND Weight AND Genome-wide AND Association AND Study”. Критерием для включения публикации в нашу работу служила идентификация хотя бы одного гена-кандидата, достоверно ассоциированного с признаком, связанным с весом тела у животных молочной породы крупного рогатого скота. Количество пересечений между списками генов-кандидатов подсчитывали с помощью программы Venn. Анализ взаимодействий между генами/белками проводили с использованием веб-ресурса GeneMANIA; перепредставленные термины генной онтологии были найдены с помощью веб-инструмента DAVID. Было обнаружено 20 генов, ассоциированных в одной публикации с разными признаками веса либо с одинаковым признаком, но в нескольких публикациях. Среди них наибольшее количество пересечений имели гены TNNT3, DYRK4, AKAP3, GALNT8, NDUFA9 и KCNA1. Общие биохимические пути и белок-белковые взаимодействия были найдены для пар генов TNNT3-TNNI2 и FGF6-FGF23. Общие белковые домены были обнаружены у пар TNNT3 - TNNI2, FGF6 - FGF2 3 и KCNA1 - KCNA6. При функциональной аннотации вышеупомянутого списка из 20 генов были выявлены перепредставленные термины генной онтологии, указывающие на обогащение списка генами, кодирующими белки комплекса тропонина ( TNNT3 и TNNI2 ), белки калиевых каналов внутреннего выпрямления ( KCNA1 и KCNA6 ), а также белки-рецепторы фактора роста фибробластов ( FGF6 и FGF23 ).

Ключевые фразы: крупный рогатый скот, молочная порода, вес тела, полногеномный анализ ассоциаций, ген-кандидат

Автор (ы): ЮДИН НИКОЛАЙ СЕРАФИМОВИЧ (YUDIN N. S.), Игошин Александр Владимирович (Igoshin A. V.), ЛАРКИН ДЕНИС МИХАЙЛОВИЧ (LARKIN D. M.)

Журнал: ПИСЬМА В ВАВИЛОВСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ

Предпросмотр статьи

Идентификаторы и классификаторы

УДК: 001.6. Научные знания

Для цитирования:

ЮДИН Н. С., ИГОШИН А. В., ЛАРКИН Д. М. ГЕНЫ-КАНДИДАТЫ, АССОЦИИРОВАННЫЕ С ВЕСОМ ТЕЛА, У ЖИВОТНЫХ МОЛОЧНЫХ ПОРОД КРУПНОГО РОГАТОГО СКОТА // ПИСЬМА В ВАВИЛОВСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ И СЕЛЕКЦИИ. 2025. Т. 11 № 1

Текстовый фрагмент статьи

Полногеномный анализ ассоциаций (ПГАА) позволяет выявить значимые генетические варианты и потенциальные гены-кандидаты хозяйственно важных признаков КРС (Sahana et al., 2023). Принцип ПГАА основан на тестировании связи между генотипами и фенотипом, выполняемом для множества локусов исследуемого генома. Как правило, для ПГАА используют биочипы со множеством равномерно распределенных однонуклеотидных полиморфизмов, которые расположены близко к функциональным мутациям и находятся в неравновесии по сцеплению с причинными локусами, которые непосредственно влияют на признак. Известно, что вес тела – признак с высокой наследуемостью у КРС (Coffey et al., 2006). Это обстоятельство способствовало многочисленным исследованиям ПГАА признаков, связанных с весом тела у животных мясных пород КРС (Raza et al., 2019, 2020; Naserkheil et al., 2022). Однако в литературе практически отсутствуют обзоры работ по изучению этих признаков с помощью ПГАА у животных молочных пород КРС. Цель настоящей работы – выявление на основании исследований ПГАА потенциальных генов-кандидатов, ассоциированных с весом тела у животных молочных пород КРС для планирования дальнейших экспериментов и проведения маркер-ориентированной и геномной селекции.

Моя история просмотров (10)

01. Выпуск: №1 (41)

02. Статья: КОУЧИНГ КАК СРЕДСТВО РАЗВИТИЯ ИНКЛЮЗИВНОЙ КОМПЕТЕНТНОСТИ УЧИТЕЛЕЙ В ПРОЦЕССЕ КУРСОВОЙ ПОДГОТОВКИ

03. Статья: ИМПОРТОЗАМЕЩЕНИЕ: АКТУАЛЬНЫЕ ПЕРСПЕКТИВЫ РАЗВИТИЯ

04. Статья: Законодательство Российской Федерации и Республики Беларусь в области обращения с отходами: сравнительно-правовые аспекты

05. Статья: Систематика американских кузнечиков (Orthoptera: Tettigoniidae). Сообщение 12: подтрибы Steirodontina и Anaulacomerina

06. Статья: СВОБОДА ЧЕЛОВЕКА ПЕРЕД ВЫЗОВАМИ ТЕХНИКИ, ЦИВИЛИЗАЦИИ И «ВОССТАНИЯ МАСС». ВЗГЛЯД НИКОЛАЯ БЕРДЯЕВА

07. Статья: УПРАВЛЕНИЕ КАРЬЕРОЙ КАК ИНСТРУМЕНТ МОТИВАЦИИ И УДЕРЖАНИЯ СОТРУДНИКОВ

08. Статья: Модели управления целевым капиталом в российских и зарубежных университетах

09. Статья: Возможности и перспективы трансформации российской экономики на основе целей устойчивого развития

10. Статья: ОПРЕДЕЛЕНИЕ ПОНЯТИЯ ВЫСОКОТЕХНОЛОГИЧНЫЕ, ИННОВАЦИОННЫЕ СУБЪЕКТЫ МАЛОГО И СРЕДНЕГО ПРЕДПРИНИМАТЕЛЬСТВА

Список литературы

1. Benes P., Vetvicka V., Fusek M. Cathepsin D - many functions of one aspartic protease. Crit Rev Oncol Hematol. 2008;68(1):12-28. DOI: 10.1016/j.critrevonc.2008.02.008
2. Berry D.P., Buckley F., Dillon P., Evans R.D., Rath M., Veerkamp R.F. Genetic relationships among body condition score, body weight, milk yield, and fertility in dairy cows. J Dairy Sci. 2003;86(6):2193-2204. DOI: 10.3168/jds.S0022-0302(03)73809-0
3. Brown S.D.M., Moore M.W. The International Mouse Phenotyping Consortium: past and future perspectives on mouse phenotyping. Mamm Genome. 2012;23(9-10):632-640. DOI: 10.1007/s00335-012-9427-x
4. Cao M., Ding Z., Wang X., Guo S., Kang Y., Hu L., Zhang B., Pei J., Ma Y., Guo X. Full-length transcriptome sequencing of the longissimus dorsi muscle of yak and cattle-yak using nanopore technology. Int J Biol Macromol. 2025;284(1):138071. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2024.138071 EDN: ZRCPIX
5. Coffey M.P., Hickey J., Brotherstone S. Genetic aspects of growth of Holstein-Friesian dairy cows from birth to maturity. J Dairy Sci. 2006;89(1):322-329. DOI: 10.3168/jds.S0022-0302(06)72097-5
6. Cole J.B., Waurich B., Wensch-Dorendorf M., Bickhart D.M., Swalve H.H. A genome-wide association study of calf birth weight in Holstein cattle using single nucleotide polymorphisms and phenotypes predicted from auxiliary traits. J Dairy Sci. 2014;97(5):3156-3172. DOI: 10.3168/jds.2013-7409
7. Doran A.G., Berry D.P., Creevey C.J. Whole genome association study identifies regions of the bovine genome and biological pathways involved in carcass trait performance in Holstein-Friesian cattle. BMC Genomics. 2014;15(1):837. DOI: 10.1186/1471-2164-15-837 EDN: VAXZFT
8. Elsurer Afsar R., Afsar B., Ikizler T.A. Fibroblast growth factor 23 and muscle wasting: a metabolic point of view. Kidney Int Rep. 2023;8(7):1301-1314. DOI: 10.1016/j.ekir.2023.04.027
9. Franz M., Rodriguez H., Lopes C., Zuberi K., Montojo J., Bader G.D., Morris Q. GeneMANIA update 2018. Nucleic Acids Res. 2018;46(W1):W60-W64. DOI: 10.1093/nar/gky311
10. Gershoni M., Weller J.I., Ezra E. Genetic and genome-wide association analysis of yearling weight gain in Israel Holstein dairy calves. Genes (Basel). 2021;12(5):708. DOI: 10.3390/genes12050708
11. Glubb D.M., O’Mara T.A., Shamsani J., Spurdle A.B. The association of CYP19A1 variation with circulating estradiol and aromatase inhibitor outcome: can CYP19A1 variants be used to predict treatment efficacy? Front Pharmacol. 2017;8:218. DOI: 10.3389/fphar.2017.00218 EDN: YGYIPD
12. Han L., Heinrichs A.J., De Vries A., Dechow C.D. Relationship of body weight at first calving with milk yield and herd life. J Dairy Sci. 2021;104(1):397-404. DOI: 10.3168/jds.2020-19214
13. Hardie L.C., VandeHaar M.J., Tempelman R.J., Weigel K.A., Armentano L.E., Wiggans G.R., Veerkamp R.F., de Haas Y., Coffey M.P., Connor E.E., Hanigan M.D., Staples C., Wang Z., Dekkers J.C.M., Spurlock D.M. The genetic and biological basis of feed efficiency in mid-lactation Holstein dairy cows. J Dairy Sci. 2017;100(11):9061-9075. DOI: 10.3168/jds.2017-12604
14. Hibino H., Inanobe A., Furutani K., Murakami S., Findlay I., Kurachi Y. Inwardly rectifying potassium channels: their structure, function, and physiological roles. Physiol Rev. 2010;90(1):291-366. DOI: 10.1152/physrev.00021.2009 EDN: MZEIAZ
15. Igoshin A.V., Yudin N.S., Belonogova N.M., Larkin D.M. Genome-wide association study for body weight in cattle populations from Siberia. Anim Genet. 2019;50(3):250-253. DOI: 10.1111/age.12786
16. Johanson J.M., Berger P.J., Tsuruta S., Misztal I. A Bayesian thresholdlinear model evaluation of perinatal mortality, dystocia, birth weight, and gestation length in a Holstein herd. J Dairy Sci. 2011;94(1):450-460. DOI: 10.3168/jds.2009-2992
17. Kim E.S., Kirkpatrick B.W. Linkage disequilibrium in the North American Holstein population. Anim Genet. 2009;40(3):279-288. DOI: 10.1111/j.1365-2052.2008.01831.x
18. Li J., Wu J., Jian Y., Zhuang Z., Qiu Y., Huang R., Lu P., Guan X., Huang X., Li S., Min L., Ye Y. Genome-wide association studies revealed significant QTLs and candidate genes associated with backfat and loin muscle area in pigs using imputation-based whole genome sequencing data. Animals (Basel). 2022;12(21):2911. DOI: 10.3390/ani12212911 EDN: RHQBGF
19. Ma Z., Chang Y., Brito L.F., Li Y., Yang T., Wang Y., Yang N. Multitrait metaanalyses identify potential candidate genes for growth-related traits in Holstein heifers. J Dairy Sci. 2023;106(12):9055-9070. DOI: 10.3168/jds.2023-23462
20. Maggi L., Bonanno S., Altamura C., Desaphy J.F. Ion channel gene mutations causing skeletal muscle disorders: pathomechanisms and opportunities for therapy. Cells. 2021;10(6):1521. DOI: 10.3390/cells10061521 EDN: GJOCMR
21. Mao X., Sahana G., De Koning D.J., Guldbrandtsen B. Genome-wide association studies of growth traits in three dairy cattle breeds using whole-genome sequence data. J Anim Sci. 2016;94(4):1426-1437. DOI: 10.2527/jas.2015-9838
22. Marsell R., Mirza M.A., Mallmin H., Karlsson M., Mellström D., Orwoll E., Ohlsson C., Jonsson K.B., Ljunggren O., Larsson T.E. Relation between fibroblast growth factor-23, body weight and bone mineral density in elderly men. Osteoporos Int. 2009;20(7):1167-1173. DOI: 10.1007/s00198-008-0780-2
23. Mehtiö T., Pitkänen T., Leino A.M., Mäntysaari E.A., Kempe R., Negussie E., Lidauer M.H. Genetic analyses of metabolic body weight, carcass weight and body conformation traits in Nordic dairy cattle. Animal. 2021;15(12):100398. DOI: 10.1016/j.animal.2021.100398 EDN: IZWQME
24. Mullen A.J., Barton P.J. Structural characterization of the human fast skeletal muscle troponin I gene (TNNI2). Gene. 2000;242(1-2):313-320. DOI: 10.1016/s0378-1119(99)00519-3 EDN: AFGWOH
25. Naserkheil M., Manzari Z., Dang C.G., Lee S.S., Park M.N. Exploring and identifying candidate genes and genomic regions related to economically important traits in Hanwoo cattle. Curr Issues Mol Biol. 2022;44(12):6075-6092. DOI: 10.3390/cimb44120414
26. Nishimura S., Watanabe T., Mizoshita K., Tatsuda K., Fujita T., Watanabe N.
27. Sugimoto Y., Takasuga A. Genome-wide association study identified three major QTL for carcass weight including the PLAG1-CHCHD7 QTN for stature in Japanese Black cattle. BMC Genet. 2012;13:40. DOI: 10.1186/1471-2156-13-40 EDN: OCRGOX
28. Oliveira H.C., Derks M.F.L., Lopes M.S., Madsen O., Harlizius B., van Son M., Grindflek E.H., Gòdia M., Gjuvsland A.B., Otto P.I., Groenen M.A.M., Guimaraes S.E.F. Fine mapping of a major backfat QTL reveals a causal regulatory variant affecting the CCND2 gene. Front Genet. 2022;13:871516. DOI: 10.3389/fgene.2022.871516 EDN: MOPMVR
29. Page M.J., McKenzie J.E., Bossuyt P.M., Boutron I., Hoffmann T.C., Mulrow C.D., Shamseer L., … Thomas J., Tricco A.C., Welch V.A., Whiting P., Moher D. The PRISMA 2020 statement: an updated guideline for reporting systematic reviews. BMJ. 2021;372:n160. DOI: 10.1136/bmj.n71
30. Pepper I., Galkin V.E. Actomyosin Complex. In: Harris J.R., Marles-Wright J. (Eds) Macromolecular Protein Complexes IV. Subcellular Biochemistry. Vol. 99. Springer, 2022;421-470. DOI: 10.1007/978-3-031-00793-4_14
31. Pryce J.E., Arias J., Bowman P.J., Davis S.R., Macdonald K.A., Waghorn G.C., Wales W.J., Williams Y.J., Spelman R.J., Hayes B.J. Accuracy of genomic predictions of residual feed intake and 250-day body weight in growing heifers using 625,000 single nucleotide polymorphism markers. J Dairy Sci. 2012;95(4):2108-2119. DOI: 10.3168/jds.2011-4628
32. Raza S.H.A., Khan R., Abdelnour S.A., Abd El-Hack M.E., Khafaga A.F., Taha A., Ohran H., Mei C., Schreurs N.M., Zan L. Advances of molecular markers and their application for body variables and carcass traits in Qinchuan cattle. Genes (Basel). 2019;10(9):717. DOI: 10.3390/genes10090717
33. Raza S.H.A., Khan S., Amjadi M., Abdelnour S.A., Ohran H., Alanazi K.M., Abd El-Hack M.E., Taha A.E., Khan R., Gong C., Schreurs N.M., Zhao C., Wei D., Zan L. Genome-wide association studies reveal novel loci associated with carcass and body measures in beef cattle. Arch Biochem Biophys. 2020;694:108543. DOI: 10.1016/j.abb.2020.108543
34. Sahana G., Cai Z., Sanchez M.P., Bouwman A.C., Boichard D. Invited review: good practices in genome-wide association studies to identify candidate sequence variants in dairy cattle. J Dairy Sci. 2023;106(8):5218-5241. DOI: 10.3168/jds.2022-22694
35. Santiago B., Baldassini W., Neto O.M., Chardulo L.A., Torres R., Pereira G., Curi R., Chiaratti M.R., Padilha P., Alessandroni L., Gagaoua M. Postmortem muscle proteome of crossbred bulls and steers: relationships with carcass and meat quality. J Proteomics. 2023;278:104871. DOI: 10.1016/j.jprot.2023.104871
36. Schilder R.J., Kimball S.R., Marden J.H., Jefferson L.S. Body weight-dependent troponin T alternative splicing is evolutionarily conserved from insects to mammals and is partially impaired in skeletal muscle of obese rats. J Exp Biol. 2011;214(9):1523-1532. DOI: 10.1242/jeb.051763 EDN: OLRGGF
37. Seabury C.M., Oldeschulte D.L., Saatchi M., Beever J.E., Decker J.E., Halley Y.A., Bhattarai E.K., Molaei M., Freetly H.C., Hansen S.L., Yampara-Iquise H., Johnson K.A., Kerley M.S., Kim J., Loy D.D., Marques E., Neibergs H.L., Schnabel R.D., Shike D.W., Spangler M.L., Weaber R.L., Garrick D.J., Taylor J.F. Genome-wide association study for feed efficiency and growth traits in U.S. beef cattle. BMC Genomics. 2017;18(1):386. DOI: 10.1186/s12864-017-3754-y EDN: SBMRVJ
38. Sherman B.T., Hao M., Qiu J., Jiao X., Baseler M.W., Lane H.C., Imamichi T., Chang W. DAVID: a web server for functional enrichment analysis and functional annotation of gene lists (2021 update). Nucleic Acids Res. 2022;50(W1):W216-W221. DOI: 10.1093/nar/gkac194 EDN: RABLLA
39. Smith J., Jerome-Majewska L.A. Reprint of: fibroblast growth factor 6. Differentiation. 2024;139:100805. DOI: 10.1016/j.diff.2024.100805 EDN: QMFVMZ
40. Steinthorsdottir V., Thorleifsson G., Sulem P., Helgason H., Grarup N., Sigurdsson A., Helgadottir H.T., … Kong A., Gudbjartsson D.F., Pedersen O., Thorsteinsdottir U., Stefansson K. Identification of lowfrequency and rare sequence variants associated with elevated or reduced risk of type 2 diabetes. Nat Genet. 2014;46(3):294-298. DOI: 10.1038/ng.2882
41. Tempelman R.J., Lu Y. Symposium review: genetic relationships between different measures of feed efficiency and the implications for dairy cattle selection indexes. J Dairy Sci. 2020;103(6):5327-5345. DOI: 10.3168/jds.2019-17781
42. Veerkamp R.F., Oldenbroek J.K., Van der Gaast H.J., Van der Werf J.H. Genetic correlation between days until start of luteal activity and milk yield, energy balance, and live weights. J Dairy Sci. 2000;83(3):577-583. DOI: 10.3168/jds.s0022-0302(00)74917-4
43. Veerkamp R.F., Coffey M., Berry D., de Haas Y., Strandberg E., Bovenhuis H., Calus M., Wall E. Genome-wide associations for feed utilisation complex in primiparous Holstein-Friesian dairy cows from experimental research herds in four European countries. Animal. 2012;6(11):1738-1749. DOI: 10.1017/S1751731112001152
44. Willson N.L., Forder R.E.A., Tearle R., Williams J.L., Hughes R.J., Nattrass G.S., Hynd P.I. Transcriptional analysis of liver from chickens with fast (meat bird), moderate (F1 layer x meat bird cross) and low (layer bird) growth potential. BMC Genomics. 2018;19(1):309. DOI: 10.1186/s12864-018-4723-9 EDN: AEJMVY
45. Xu B., Liu C., Zhang H., Zhang R., Tang M., Huang Y., Jin L., Xu L., Hu C., Jia W. Skeletal muscle-targeted delivery of Fgf6 protects mice from diet-induced obesity and insulin resistance. JCI Insight. 2021;6(19):e149969. DOI: 10.1172/jci.insight.149969 EDN: YUXWHD
46. Yin T., König S. Genetic parameters for body weight from birth to calving and associations between weights with test-day, health, and female fertility traits. J Dairy Sci. 2018;101(3):2158-2170. DOI: 10.3168/jds.2017-13835
47. Yin T., König S. Genome-wide associations and detection of potential candidate genes for direct genetic and maternal genetic effects influencing dairy cattle body weight at different ages. Genet Sel Evol. 2019;51(1):4. DOI: 10.1186/s12711-018-0444-4
48. Zhang T., Linghu K.G., Tan J., Wang M., Chen D., Shen Y., Wu J., Shi M., Zhou Y., Tang L., Liu L., Qin Z.H., Guo B. TIGAR exacerbates obesity by triggering LRRK2-mediated defects in macroautophagy and chaperone-mediated autophagy in adipocytes. Autophagy. 2024;20(8):1741-1761. DOI: 10.1080/15548627.2024.2338576
49. Zhao M., Nakada Y., Wei Y., Bian W., Chu Y., Borovjagin A.V., Xie M., Zhu W., Nguyen T., Zhou Y., Serpooshan V., Walcott G.P., Zhang J. Cyclin D2 overexpression enhances the efficacy of human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes for myocardial repair in a swine model of myocardial infarction. Circulation. 2021;144(3):210-228. DOI: 10.1161/CIRCULATIONAHA.120.049497 EDN: SKEDUV

Выпуск

Т. 11 № 1 (2025)

Кол-во страниц: 50 страниц

Другие статьи выпуска

КАК СЧИТАТЬ КРИТЕРИЙ СТЬЮДЕНТА СТАТИСТИЧЕСКОЙ ЗНАЧИМОСТИ РАЗНОСТИ СРЕДНИХ ДВУХ ВЫБОРОК. I. ПРОВЕРКА НОРМАЛЬНОСТИ (2025)

Авторы: ЕФИМОВ В. М.

Критерий Стьюдента статистической значимости разности средних двух выборок, предложенный Р. Фишером в1925 г., до сих пор является одним из самых востребованных методов статистического анализа. За почти столетие его использования сложилась устойчивая система рекомендаций и условий его применения, которая изложена в учебниках и руководствах по статистической обработке данных. Как правило, настоятельно требуется предварительная проверка нормальности распределения исходных выборок и равенства их дисперсий. В случае ненормальности рекомендуется использовать непараметрические методы, например критерий Манна-Уитни. В работе представлена более современная точка зрения на эту проблему, обусловленная несколькими взаимосвязанными причинами. Во-первых, за прошедшее столетие накоплен значительный практический опыт применения t -критерия Стьюдента, который заставляет сильно сомневаться в обязательности проверки нормальности и равенства дисперсий, а также применения ранговых критериев в случае отсутствия нормальности. Во-вторых, теория тоже не стояла на месте. Появились расчет критерия Стьюдента через точечно-бисериальный коэффициент корреляции и альтернативы методам «нормальной теории» в виде свободных от распределения процедур. В-третьих, кардинально выросли вычислительные возможности, позволяющие без дополнительных предположений моделировать в компьютере генеральные распределения исходных выборок и по ним оценивать требуемые p -value.

Сохранить в закладках

ОПРЕДЕЛЕНИЕ IN VITRO СРОДСТВА TBP К TATA-БОКСУ ПРОМОТОРОВ ГЕНОВ ARABIDOPSIS THALIANA (2025)

Авторы: ШАРЫПОВА Е. Б., Колчанов Н. А., САВИНКОВА Л. К., ПОНОМАРЕНКО М. П.

Для инициации транскрипции РНК-полимеразой II с ТАТА-содержащих промоторов необходима сборка транскрипционного комплекса, начинающаяся со взаимодействия ТВР (TATA binding protein) или TFIID, в состав которого он входит, с ТАТА-боксом, и присоединения к ним других базальных факторов транскрипции. Изучению взаимодействия ТВР с ТАТА-боксами и ТАТА-подобными элементами млекопитающих посвящено большое количество работ, увеличивающееся с обнаружением влияния однонуклеотидных замен (SNP) в ТАТА-последовательностях на фенотипические проявления, в том числе на связь с различными заболеваниями человека. Взаимодействие ТВР с ТАТА-боксами растений, в частности Аrabidopsis thaliana, практически не изучалось, за исключением единичных ранних работ. Широкомасштабное предсказание промоторных последовательностей и входящих в них сайтов связывания транскрипционных факторов с помощью различных инструментов in silico успешно используется благодаря достижениям в транскриптомных технологиях и секвенировании геномов довольно многих видов растений ( A. thaliana, рис, томат, свекла, картофель, пшеница, хлопчатник и др.). Однако предсказанные регуляторные последовательности могут быть функциональными (а могут и не быть), и необходима экспериментальная верификация вклада потенциального сайта связывания фактора транскрипции в активность промотора для подтверждения его функциональности. В данной работе применяется количественный метод задержки ДНК в геле для определения сродства ТВР к ТАТА-боксам промоторов генов A. thaliana и его сравнения с предсказанным с помощью веб-сервиса Plant_SNP_TATA_Z-tester значением. Для изучения мы использовали гены A. thaliana PUR7, TFL1, MLH1, FT, AOP2, транскрибируемые в разных органах растения. Выявлено, что олигодезоксирибонуклеотиды, идентичные последовательностям ТАТА-боксов с фланкирующими их нуклеотидами генов А. thaliana, имеют сродство к ТВР, различающееся до 66 раз. Фланкирующие последовательности ТАТА-боксов промоторов рассмотренных генов А. thaliana имеют более низкое содержание GC-нуклеотидов во фланках (на 23 %) по сравнению с генами человека. Эксперименты показали, что для предсказанных с помощью Plant_SNP_TATA_Z-tester равновесных констант диссоциации K D и их экспериментальных значений, выраженных в нМ, коэффициент линейной корреляции ( r ) = 0.97 при p < 0.05. Полученные результаты указывают на надежность in silico оценки сродства ТВР Arabidopsis к промоторам генов этого растения с помощью сервиса Plant_SNP_TATA_Z-tester.

Сохранить в закладках

ПОЛОВОЙ ПОЛИМОРФИЗМ ГИНОДИЭЦИЧНОГО РАСТЕНИЯ GERANIUM SYLVATICUM (GERANIACEAE) (2025)

Авторы: Гордеева Н. И.

Исследован половой полиморфизм Geranium sylvaticum L. в двух популяциях в луговом и лесном фитоценозах подтаежного правобережья Оби (окрестности г. Новосибирска). В зависимости от комбинации обоеполых, пестичных и частично андростерильных цветков обнаружены три половых фенотипа: гермафродитный, женский и гиномоноэцичный. У ряда гермафродитных фенотипов формируются частично андростерильные цветки, среди которых преобладают цветки с 5 стаминодиями и 5 нормальными тычинками. Частично андростерильные цветки малочисленны и образуются в верхней и/или нижней части соцветия в начале и/или конце цветения растений. Гиномоноэцичные фенотипы представлены в двух вариантах: женский фенотип с единичными частично андростерильными цветками и гермафродитный фенотип с несколькими пестичными цветками. Женские фенотипы образуют приблизительно в 2 раза меньше цветков и в 1.6 раза меньше плодов, чем гермафродитные (различия статистически значимы), однако образование плодов в расчете на цветок у женских фенотипов в 1.4 раза выше, чем у гермафродитных. В условиях низкой освещенности гермафродитные фенотипы с частично андростерильными цветками встречаются в 2.2 раза чаще, чем при высоком уровне освещения. Соотношение двух форм гермафродитных фенотипов (с частично андростерильными цветками и без них) в луговом и лесном фитоценозах различается статистически значимо ( p = 0.0247 < 0.05). При высоком уровне освещения гермафродитные фенотипы продуцируют в 1.6 раза больше плодов, чем при низком; различия статистически значимы ( p < 0.05). В исследуемых популяциях G. sylvaticum выявлена низкая доля женских фенотипов как в луговом, так и в лесном фитоценозах: 7.1 и 4.7 % соответственно. Гиномоноэцичные фенотипы в популяциях отмечаются единично -0.8-1.6 %. Для G. sylvaticum характерна сравнительно низкая встречаемость женских и гиномоноэцичных фенотипов и заметная доля гермафродитных с частично андростерильными цветками в европейской и азиатской частях ареала вида.

Сохранить в закладках

ПОЛВЕКА ПОПУЛЯЦИОННОЙ ГЕНЕТИКИ НАРОДОВ СИБИРИ: ИССЛЕДОВАНИЯ ЛЮДМИЛЫ ПАВЛОВНЫ ОСИПОВОЙ (2025)

Авторы: ПОСУХ О. Л., ЗАХАРОВ И. К.

Полувековая жизнь в науке Л. П. Осиповой была тесно связана со становлением, организацией и развитием комплексных и широкомасштабных исследований генетической структуры популяций человека Северной Евразии. Были инициированы и проводились исследования в различных направлениях популяционной и эволюционной генетики человека, молекулярной генетики и иммуногенетики, демографии и биомедицины коренных народов; изучались механизмы адаптации человека к факторам окружающей среды, а также влияние техногенных факторов на окружающую среду и на здоровье человека. Совокупность результатов масштабных геномных исследований международных консорциумов с участием коллектива Л. П. Осиповой позволила реконструировать предковые геномы и воссоздать пути миграции человека в историческом прошлом.

Сохранить в закладках

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ПОЛИМОРФНЫХ МИКРОСАТЕЛЛИТНЫХ ЛОКУСОВ У КЛАДОЦЕР: СТРАТЕГИЯ СМЕШАННОГО РАЗМНОЖЕНИЯ И ДИНАМИКА ПОПУЛЯЦИЙ (2025)

Авторы: ПОРОШИНА А. А., ЩЕРБАКОВ Д. Ю.

Целью данной работы была идентификация полиморфных локусов в геномах Daphnia с помощью анализа последовательности генома и экспериментального анализа реальных образцов, собранных в естественных условиях. Мы использовали праймеры, предсказанные алгоритмом амплификации ДНК из образцов дафний, и капиллярный электрофорез для выявления полиморфных локусов. Это сделано для детекции полиморфных локусов в результате единственного эксперимента, когда наличие полиморфизмов с частотой, достаточной для генетических исследований, детектируется как появление множественных пиков на электрофореграмме. Таким образом, мы оценивали эффективность метода капиллярного электрофореза и уточняли параметры популяции, включая долю полового размножения и эффективную численность популяции. Изучение полиморфных локусов становится особенно актуальным в контексте изменения климата и усиления антропогенного воздействия на экосистемы, поскольку эти факторы могут существенно влиять на генетическое разнообразие и адаптацию популяций. Полиморфные локусы, содержащие микросателлитные повторы, могут служить индикаторами генетической стабильности и способности видов адаптироваться к изменяющимся условиям окружающей среды. В условиях глобального изменения климата и усиливающегося антропогенного воздействия, такого как загрязнение окружающей среды, урбанизация и изменения ландшафта, гидробионты сталкиваются с новыми вызовами, требующими быстрой адаптации. Полиморфные локусы, благодаря своей высокой изменчивости, могут предоставить ценную информацию о генетической структуре популяций и их потенциале к адаптации. В контексте наших исследований изучение полиморфных локусов у Daphnia приобретает особую важность, учитывая их экологическую роль и чувствительность к изменениям окружающей среды. Представители рода Daphnia как ключевые компоненты пресноводных экосистем могут служить модельными организмами для изучения генетической адаптации к изменению климата и антропогенным воздействиям. Понимание полиморфных локусов у Daphnia может дать ценные данные для оценки генетической стабильности и адаптивного потенциала этих популяций, что особенно важно в условиях быстро меняющихся условий окружающей среды.

Сохранить в закладках

Статистика статьи

Статистика просмотров за 2025 - 2026 год.

Издательство

Издательство: НИИТПМ
Регион: Россия, Новосибирск
Почтовый адрес: 630089, г. Новосибирск, ул. Б. Богаткова, 175/1, Метро "Золотая нива", Автобус "Молодежная, Кошурникова"
Юр. адрес: 630090, г. Новосибирск, пр-т Академика Лаврентьева, 10
ФИО: Рагино Юлия Игоревна (Руководитель)
Контактный телефон: +7 (383) 3730981
Сайт: https://iimed.ru/

Все права на тексты и товарные знаки принадлежат их законным владельцам. Подробнее...

Сайт https://scinetwork.ru (далее – сайт) работает по принципу агрегатора – собирает и структурирует информацию из публичных источников в сети Интернет, то есть передает полнотекстовую информацию о товарных знаках в том виде, в котором она содержится в открытом доступе.

Сайт и администрация сайта не используют отображаемые на сайте товарные знаки в коммерческих и рекламных целях, не декларируют своего участия в процессе их государственной регистрации, не заявляют о своих исключительных правах на товарные знаки, а также не гарантируют точность, полноту и достоверность информации.

Все права на товарные знаки принадлежат их законным владельцам!

Сайт носит исключительно информационный характер, и предоставляемые им сведения являются открытыми публичными данными.

Администрация сайта не несет ответственность за какие бы то ни было убытки, возникающие в результате доступа и использования сайта.

Спасибо, понятно.

Сказать «Спасибо»

Вы можете поблагодарить автора за публикацию. Ему (ей) будет приятно.

Наведите камеру на QR-код, чтобы открыть моб. версию страницы.