Предметом исследования выступает институт профилактики нарушений обязательных требований в сфере высшего образования через призму теоретических вопросов его административно-правовой природы и практических аспектов реализации при осуществлении государственного контроля (надзора). В работе проведен анализ теоретико-правовых основ данного института, включая определение его места в системе государственного контроля (надзора) и соотношения с категориями «предупреждение» и «превенция»; выявлены актуальные проблемы правоприменения инструментария профилактической деятельности в сфере высшего образования; предложены меры по совершенствованию его нормативного регулирования и организационно-правовых форм практической реализации. Особое внимание уделяется обоснованию ключевой роли профилактики в системе государственного контроля (надзора) в сфере высшего образования, при этом акцент делается на необходимости формирования инструментария, направленного не только на предотвращение возможных нарушений обязательных требований и минимизацию рисков негативных последствий, но и на поддержку и поощрение добросовестного соблюдения обязательных требований контролируемыми лицами. Методологическую основу исследования составили общетеоретические (анализ, синтез, дедукция, системно-структурный метод) и частно-научные (статистический) методы. В рамках специально-научной методологии был применен формально-юридический метод, обеспечивший системный анализ и толкование норм действующего законодательства. Результаты исследования показали, что недостаточность инструментария для поддержки и поощрения добросовестного соблюдения обязательных требований, предопределяет вынужденность ориентации Федеральной службы по надзору в сфере образования и науки (далее – Рособрнадзор) на упреждающе-карательный подход при осуществлении профилактических мероприятий. Преодоление данной проблемы представляется возможным через развитие независимой и самостоятельной оценки контролируемыми лицами уровня соблюдения обязательных требований. Новизна исследования заключается в выявлении и обосновании потенциала механизма административно-правового регулирования в сфере высшего образования для расширения инструментария обеспечения добросовестного соблюдения обязательных требований. Предлагаемые в работе варианты интеграции в данный инструментарий результатов таких процедур, как независимая оценка качества образования, рейтингование и самообследование, в системной связи с практической реализацией риск-ориентированного подхода, способствуют достижению баланса во взаимодействии государства, общества и образовательных организаций как одного из ориентиров совершенствования контрольной (надзорной) деятельности.