Существуют две точки зрения на системный подход и его использование: согласно первой этот подход мыслится как универсальный, пригодный для любых дисциплин и практик; согласно второй он включает специфическую предметность, должен схватывать особенности определенной области знаний. Чтобы выбрать один из них, автор анализирует на материале двух кейсов («Критики чистого разума» И. Канта и работ Г.П. Щедровицкого) формирование и особенности системного подхода, показывая, что он представляет собой проектирование объекта изучения в особой эпистемической ситуации. Ее особенностью является, с одной стороны, наличие нескольких предметов, описывающих предполагаемый объект, с другой - убеждение в существовании онтологии и законов, в соответствии с которыми этот объект может быть спроектирован. Системный подход в данном варианте (как конфигурирование разных предметов и проектирование на основе этого процесса объекта) сопоставляется с гуманитарными и социогуманитарными исследованиями и разработками (исследованием личности А.С. Пушкина и успешным проектом «Донор»), позволяющими обойтись без системных представлений и системного мышления. Их заменяют методология и исследование в предмете. Автор обращает внимание на то, что идеи выявления и поиска целостности, природы и границ рассматриваемого явления, учета связей и влияний, соотношения синтеза и анализа и ряд других, относимых сегодня к системному подходу, разрабатывались содержательно (в других, несистемных понятиях и языках) на протяжении всей истории развития философии, методологии и науки. В результате получается, что необходимо различать методологию системного подхода и другие методологии, позволяющие системные проблемы и задачи решать, так сказать, несистемно.