В статье предлагается интеллектуальная система (программно-аналитический комплекс) на основе искусственной нейронной сети для управления учебным процессом на данных, полученных от структурных подразделений организации. Для моделирования совершенствования бизнес-процессов используется цикл Деминга. Представлена структура (модель) программно-аналитического комплекса, позволяющего выявить и проследить связанные друг с другом вертикальные и горизонтальные процессы, что дает формализованное описание системы, удовлетворяющее требованиям алгоритма. Построена онтологическая модель структуры комплекса программной аналитики, которая увязывается с набором решений с использованием баз данных и знаний и разбивается на классы объектов и категории с иерархическими отношениями между ними. Чтобы поделиться этими знаниями, в SAC необходимо предоставить их конкретное описание. Оно должно быть достаточно формальным, понятным для другой системы и написано на том же языке. Новизна заключается в решении задачи интеграции информационных систем, связанных со слабоструктурированными предметно-ориентированными информационными потоками образовательного учреждения, с использованием методов теории множеств и теории категорий. Описание свойств отношений между объектами учета происходит на высоком уровне абстракции, появляется возможность существенно расширить сферу применения предлагаемого метода построения программно-аналитического комплекса на основе онтологической модели для различных предметных областей с учетом многоуровневого рассмотрения самой предметной области, а также конечных и бесконечных областей значений. При этом автоматически определяется необходимый уровень абстракции для обеспечения структурной и параметрической целостности формируемой системы и интерпретации возникающих задач анализа данных, представленных семантическими моделями.