Археологическая составляющая в отечественном японоведении зарождается в конце XIX в. на основе первых поездок и знакомства с древностями Японии (М.И. Венюков, А.В. Григорьев, И.С. Поляков, Д.М. Позднеев) и оформляется в самостоятельное направление уже в рамках советского периода. Плодотворный диалог российских и японских археологов во многом обусловлен как территориальным соседством и общими корнями древних культур, начиная с эпохи камня, так и взаимным интересом к археологии тихоокеанского бассейна в целом. Одну из лидирующих ролей в этом сотрудничестве с начала 1960-х гг. начинает играть Новосибирский научный центр (Институт истории, филологии и философии СО АН СССР, гуманитарный факультет НГУ) в лице таких специалистов как А.П. Окладников, А.П. Деревянко, Р.С. Васильевский и В.Е. Ларичев. В первое постсоветское десятилетие происходит переход к новым форматам – многолетним совместным проектам и археологическим экспедициям, которые осуществляются на базе двусторонних соглашений между научными организациями Японии и российскими институтами (университетами, музеями) из целого ряда городов Сибири и Дальнего Востока. Сотрудничество достигает своего пика в 2007/8–2019 гг., пользуется поддержкой отечественных (РГНФ, РФФИ, РНФ) и японских научных фондов, реализуется в самых разных форматах (проекты, обмены, стажировки, симпозиумы, выставки, публикации и т.д.), и на самых разных географических площадках, как на территории России и Японии, так и третьих стран – в Центральной Азии (Монголия), и Южной Америки (Эквадор). Один из ярких примеров такого взаимодействия – плодотворное сотрудничество сектора зарубежной археологии (Институт археологии и этнографии СО РАН, г. Новосибирск) и Лаборатории археологии (Университет Тохоку, г. Сендай), результатами которого является большое количество публикаций в ведущих научных журналах и несколько диссертационных исследований по периодам дзёмон и кофун.