Приведены результаты исследований, определяющие роль сезонного фактора в изменениях, происходящих на протяжении весенне-осеннего периода в качественном составе микробиоценоза воды и рыбы из естественных водоемов средней полосы России, показано влияние микробиоценоза воды на микробиоценоз рыб, приведены сезонные изменения вирулентности аэромонад, эпизоотическое и экологическое состояние водных объектов в зависимости от сезонов года. Результаты исследований показали, что встречаемость и распространенность определенных групп микроорганизмов в естественных водоемах средней полосы России напрямую зависят от влияния сезонных факторов на среду обитания, на преобладание в экологических нишах различных групп микроорганизмов, на биологические свойства бактерий, повышение вирулентности аэромонад при ухудшении условий среды. Сезонные изменения качества воды влияют на иммуно-физиологический статус гидробионтов - на способность защитных систем макроорганизма препятствовать его контаминации бактериальными агентами, заболеванию и гибели рыб в естественных популяциях.