Архив статей журнала
Цель: проанализировать нуклеотидное разнообразие фрагмента гена цитохромоксидаза субъединицы 1 мт ДНК в азиатских и американских популяциях нерки.
Материалы и методы. Материалом для анализа являются нуклеотидные последовательности как полученные автором для популяции нерки р.Ола, так и для ряда азиатских и американских популяций нерки, размещенные в Генетическом Банке (www.ncbi.nlm.nih.gov). Проанализировано 139 секвенсов, унифицированное количество нуклеотидов - 640. Статистические параметры следующие: ps – доля полиморфных сайтов, θ – доля полиморфных сайтов с учетом числа сайтов (i) ps/a1, a1 = 1/ Σ1/i, = 1/ 1 + ½ + 1/3+ …+1/i, πT -нуклеотидное разнообразие, πs – среднее нуклеотидное разнообразие внутри популяции, δST – межпопуляционное нуклеотидное разнообразие, NST – коэффициент нуклеотидной дифференциации NST = δST/ πT. Дендрограмма построена по величинам так называемых р-дистанций, метод кластеризации UPGMA.
Результаты. Нуклеотидное разнообразие нерки р. Ола (πT = 0,00505 (s=0,000080)) оказалось несколько выше чем в американских популяциях (πT =0,00403 (s=0,000002)). Коэффициент нуклеотидной дифференциации NST и количество полиморфных сайтов в азиатских популяциях выше, чем в американских. Благодаря этому обнаружен более высокий уровень нуклеотидного разнообразия в азиатских популяциях нерки (0,00504 (s=0,000004)), чем в североамериканских (0,00403 (s=0,000002)). Нуклеотидные последовательности всех особей делятся на 2 группы. Особи данных группировок не имеют территориальной привязанности, т.е. отмечены как в азиатских, так и в американских популяциях. Наиболее вероятно, что указанные группировки сформировались в результате позднеплейстоценовых колебаний климата и связанных с этим наличие 2 рефугиумов на азиатском побережье - реки северного побережья Охотского моря и реки п-ва Камчатка. Для американских популяций нерки также предполагается существование в период похолодания климата двух рефугиумов, один в районе п-ва Аляски, второй в районе острова Ванкувер. Практически все крупные популяции нерки находятся под влиянием промысла и во многих случаях искусственного разведения. надежного различения заводской рыбы, разводимой на рыбоводных заводах, от нерки, воспроизводящейся в природных нерестилищах, можно использовать характерную нуклеотидную последовательность гена цитохромоксидазы мтДНК.