Особой характеристикой ландшафта Западно-Сибирской равнины является ее сильная заболоченность. Памятники раннего неолита Каюково‑1 и Каюково‑2 расположены вблизи озера Большое Каюково на узкой суходольной гриве и частично уходят под торфяное болото. Палинологические исследования торфа показали, что заболачивание данной территории началось в раннем голоцене (около 11,7 тыс. л. н.), за четыре тысячи лет до появления первых поселений. На месте современных болот были крупные, первичные по генезису озера, являющиеся остатками единого мелководного водоема, на которых в раннем неолите поселились группы населения с южных и юго-западных территорий, что маркирует начало периода системного освоения региона. Выявлено, что на краю памятников еще в период около 8 тыс. л. н. рос высокоствольный сосновый лес (на расстоянии не менее 150 м вглубь современных болот от края берега близ поселений Каюково‑1 и Каюково‑2). Изучение береговой линии озера Большое Каюково также показало наличие двух новых памятников — Каюково‑3 и Каюково‑4 среднего неолита.