Расширение платных услуг, оказываемых государственными (муниципальными) бюджетными и автономными учреждениями сектора государственного управления (далее именуемыми организациями государственного сектора), порождает потребность в новых механизмах контроля, сочетающих требования бюджетного законодательства и принципы рыночной эффективности. Существующая система контроля, ориентированная преимущественно на целевое использование бюджетных средств, не в полной мере отвечает специфике приносящей доход деятельности, что создаёт риски и ограничивает потенциал её развития. Поэтому в данной статье дана характеристика двойственной природе контроля приносящей доход деятельности, сочетающая приоритет финансового контроля и необходимость внутрихозяйственного контроля, определены ключевые группы рисков, требующие дифференцированного подхода, проанализированы механизмы контроля (превентивный, корректирующий, директивный), выделены их преимущества и недостатки. Разработан комплексный подход к интеграции финансового и внутрихозяйственного контроля, основанный на интеграции гибких моделей управления и цифровых инструментов, которые позволят организациям государственного сектора повысить конкурентоспособность услуг, улучшить эффективность использования ресурсов и качество контроля, не нарушая при этом социальной миссии и бюджетной дисциплины.