В статье представлены результаты исследования актуальных проблем и специфики управления научно-исследовательской деятельностью в филиалах высших учебных заведений. Авторы показывают специфические особенности управления научной деятельностью в филиале вуза. В исследовании, используя методы сравнения, системного анализа, аналогии и обобщения, авторы проводят анализ ключевых вызовов, с которыми сталкиваются филиалы, включая кадровые ограничения, ресурсное обеспечение и интеграцию в единое научное пространство головного университета. При этом особое внимание уделяется диспропорции между высокими требованиями, предъявляемыми к научной деятельности в современном вузе, и объективными возможностями филиалов вузов. Авторами предлагается для рассмотрения комплексная модель управления научной деятельностью, основанная на принципах проектного подхода, сетевого взаимодействия и целевой кадровой политики, что является содержанием научной новизны исследования. Данная модель включает механизмы стимулирования публикационной активности, развития научных школ филиала и коммерциализации результатов исследований. Авторы обосновывают, что эффективное управление научной деятельностью в филиале возможно при условии стратегической автономии в сочетании с тесной интеграцией с головным вузом и региональными партнерами.