Актуальность. Подготовка, переподготовка и качественное непрерывное профессиональное образование управленческих кадров имеют особое значение в обеспечении целостности и конечной эффективности, реализуемой в Республике Узбекистан комплексной трансформации системы здравоохранения. Цель исследования: разработать и внедрить инновационные механизмы подготовки, переподготовки и непрерывного профессионального образования менеджеров, отвечающие принципам реализуемой в Республике Узбекистан комплексной трансформации системы здравоохранения. Материалы и методы. Проанализированы результаты деятельности кафедры «Общественное здоровье и управление здравоохранением» Центра развития профессиональной квалификации медицинских работников Министерства здравоохранения Республики Узбекистан за период 2018–2025 гг. Исследованы данные 595 образовательных циклов, проведенных по 46 учебным программам, на которых прошли обучение 19,7 тыс. специалистов. Опираясь на полученные данные разработаны и внедряются инновационные механизмы подготовки, переподготовки и непрерывного профессионального образования менеджеров системы здравоохранения. Результаты. Выявлены системные проблемы при организации подготовки, переподготовки и качественного непрерывного профессионального образования руководящего состава. По степени значимости они ранжированы следующим образом: большинство занимающих руководящие должности не имеют специальности «Управление здравоохранением и общественное здоровье», не сформирована полная система стратегического резерва управленческих кадров; не внедрена система дифференцированного непрерывного профессионального образования руководителей; не разработана система мониторинга непрерывного профессионального образования специалистов, работающих на руководящих должностях. К инновационным механизмам подготовки, переподготовки и качественного непрерывного профессионального образования менеджеров для системы здравоохранения Республики, разработанным и внедряемым кафедрой, относятся: рейтинг регионов, республиканских учреждений; реализация составленной «Концепции организации подготовки, переподготовки и непрерывного профессионального образования менеджеров в системе Министерства здравоохранения Республики Узбекистан» в виде обязательных дифференцированных алгоритмов и механизмов постдипломного образования. Заключение. Обосновано целевое, дифференцированное внедрение инновационных механизмов подготовки, переподготовки и качественного непрерывного профессионального образования менеджеров для системы здравоохранения Республики Узбекистан, предусматривающих алгоритмы мониторинга процесса.