Цель работы заключается в исследовании проблем регионального развития в России в период кризиса, а также в разработке и апробации методики диагностики проблем экономической безопасности регионов. Авторами был проведен теоретический обзор, касающийся диагностики социально-экономического развития регионов России на основе оценки уровня экономической безопасности, рассмотрены наиболее интересные методики, предложенные отечественными учеными. Авторами предложен собственный метод проведения диагностики экономической безопасности региона, основанный на индексном подходе. Выделены три группы индикаторов: экономические, социальные и индикаторы качества жизни населения. Данные индикаторы получили оценку в виде индивидуальных индексов и были объединены в сводный индекс уровня экономической безопасности. Кроме этого, авторы предложили объединить регионы в кластеры на основании полученных значений индексов. Данная методика была апробирована на регионах России за период 2016–2021 гг. По итогам анализа были выделены кластеры с низким экономическим индексом, включающие в себя 11 регионов. На повышение уровня экономической безопасности на данных территориях необходимо обратить внимание в первую очередь. Также была выделена целевая группа регионов с наиболее высокими значениями индексов.