Статья: ПОЛНОГЕНОМНЫЕ АССОЦИАТИВНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ПОКАЗАТЕЛЕЙ РОСТА У ПЕРЕПЕЛОВ Coturnix japonica (2022)

Читать онлайн

Идентификация и картирование генов, детерминирующих проявление селекционно значимых признаков у сельскохозяйственных животных, в том числе птицы, - одна из ключевых задач геномной селекции, направленной на повышение эффективности животноводства. За последние годы с использованием полногеномного анализа ассоциаций выявлено достаточно большое число важных генов-кандидатов у разных видов сельскохозяйственных животных. При этом из многочисленных видов сельскохозяйственной птицы существенная доля исследований по поиску и идентификации локусов количественных признаков (QTL, quantitative trait loci) проведена на курах. На перепелах число подобных исследований относительно невелико. Это связано прежде всего с отсутствием коммерческих чипов, что затрудняет поиск SNP и идентификацию генов, связанных с селекционно значимыми признаками. К настоящему времени в литературе недостаточно информации о локусах количественных признаков перепелов, достоверно связанных с продуктивностью. Живая масса и скорость роста перепелов - показатели мясной продуктивности, которые зависят от условий кормления и содержания птицы и детерминированы множеством QTL. В настоящем сообщении представлены результаты полногеномных ассоциативных исследований скорости роста перепелов из F2 модельной ресурсной популяции. Целью работы была идентификация локусов количественных признаков в геноме перепелов и анализ ассоциации найденных мутаций с показателем массы тела, а также характеристика аллельных вариантов в изученной F2 модельной ресурсной популяции. Перепела F2 модельной ресурсной популяции были получены посредством серии межпородных скрещиваний японского перепела (медленный рост) и техасского перепела (быстрый рост). Генотипирование полученных особей F2 ( n = 232) проводили методом GBS (genotyping by sequencing). После фильтрации при обработке данных генотипирования для последующего анализа отобрали 92686 SNP. C использованием программного обеспечения PLINK 1.9 (https://www. cog-genomics. org/plink/) с принятыми ограничениями (geno 0,1, mind 0,2, maf 0,05) изучили ассоциации между данными полногеномного генотипирования и живой массой, отражающей физическое развитие птицы. Показано, что полученная F2 ресурсная популяция перепелов характеризовалась высокой изменчивостью этого показателя. У 1-суточных перепелят живая масса варьировала от 5 до 11 г и составила в среднем 9±0,1 г. В возрасте 2, 4, 6 и 8 нед она достигала соответственно 69±1, 157±2, 219±2 и 252±2 г. На основании проведенного GWAS-анализа идентифицированы 149 SNP на 1-й, 2-й, 3-й, 5-й, 6-й, 8-й, 11-й, 14-й, 15-й, 20-й, 24-й, 25-й и 26-й хромосомах, которые с высокой достоверностью (p < 0,00001) ассоциированы с живой массой. При этом на 1-й, 2-й, 3-й, 5-й, 11-й и 26-й хромосомах детектированы блоки из 2-9 SNP, относящиеся к одному гену. Установлены семь генов-кандидатов ( PCDH9, SMAD9, PAN4, EGFR, WDPCP, MDGA2 и PEPD ), достоверно (p < 0,00001) связанных с показателем живой массы в возрасте 8 нед. Выявленные SNP могут быть в дальнейшем изучены в качестве генетических маркеров в программах селекции на увеличение массы перепелов, а также в связи с остальными показателями продуктивности.

Ключевые фразы: coturnix japonica, перепел, qtl, SNP, gbs, gwas, живая масса, динамика роста
Автор (ы): Герман Надежда Юрьевна (German N. Y.), Волкова Наталья Александровна (Volkova N. A.), Ларионова Полина Валентиновна (Larionova P. V.), Ветох Анастасия Николаевна (Vetoh A. N.), Волкова Людмила Александровна (Volkova L. A.), Сермягин Александр Александрович (Sermyagin A. A.), Шахин Алексей Викторович (SHahin A. V.), Аншаков Дмитрий Вадимович (Anshakov D. V.), Фисинин Владимир Иванович (Fisinin V. I.), Зиновьева Наталия Анатольевна (Zinoveva N. A.)
Журнал: СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННАЯ БИОЛОГИЯ

Предпросмотр статьи

Идентификаторы и классификаторы

SCI
Биология
УДК
577.21. Молекулярные механизмы кодирования, запасания и реализации наследственной информации. Молекулярная биология гена (молекулярная генетика). Молекулярные механизмы матричного синтеза (биополимеризация)
636.064.6. Рост и развитие
636.5. Домашняя птица
Для цитирования:
ГЕРМАН Н. Ю., ВОЛКОВА Н. А., ЛАРИОНОВА П. В., ВЕТОХ А. Н., ВОЛКОВА Л. А., СЕРМЯГИН А. А., ШАХИН А. В., АНШАКОВ Д. В., ФИСИНИН В. И., ЗИНОВЬЕВА Н. А. ПОЛНОГЕНОМНЫЕ АССОЦИАТИВНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ ПОКАЗАТЕЛЕЙ РОСТА У ПЕРЕПЕЛОВ COTURNIX JAPONICA // СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННАЯ БИОЛОГИЯ. 2022. № 6, ТОМ 57
Текстовый фрагмент статьи
Моя история просмотров (10)
Будьте первым, кто начнет обсуждение

Если у вас возникли вопросы или появились предложения по содержанию статьи, пожалуйста, направляйте их в рамках данной темы.