Статья посвящена исследованию вопросов государственного регулирования с учетом федеральных и региональных особенностей развития России. Обоснована модель (типология) инноваций по критериям СЭП, позволяющая, в отличии от традиционных, рассматривать инновации с позиции результата от их внедрения, т. е. оценивать инновации с точки зрения их эффективности. Особое внимание уделено региональной специфике. Разработаны рекомендации по совершенствованию механизмов государственного регулирования инновационного развития агропромышленного комплекса. Цель исследования заключается в необходимости разработки мер по оптимизации законодательства, усиления кооперации и преодоления дисбалансов для повышения эффективности инновационной политики в АПК. Предложена структурно-функциональная модель государственного регулирования инновационного развития АПК. Анализ современной литературы демонстрирует широкий интерес к вопросам инновационного развития и государственного регулирования, в частности исследования И. Г. Ушачева, В. В. Милосердова, В. И. Назаренко, А. В. Петрикова. Однако, несмотря на значительный объем научных изысканий, недостаточно разработанными остаются: методы оценки эффективности и парадоксальных эффектов государственного регулирования инноваций в региональном АПК; модели преодоления системных дисфункций, адаптированные к условиям конкретных регионов; механизмы стимулирования, коммерциализации и создания инновационной экосистемы в АПК. Актуальность указанных проблем, их теоретическая и практическая значимость определили выбор темы, цель и задачи исследования.